Анагаах Ухааны сургууль нь анх 1942 оны 10 дугаар сарын 05-ны өдрийн БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн тогтоолоор МУИС-ийн Хүн эмнэлгийн факультет болж байгуулагдсан. Улмаар 1961 оны 08 дугаар сарын 16-ны өдрийн БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 431 тоот тогтоолоор Анагаах Ухааны Дээд Сургууль, 1990 оны 11 дүгээр сарын 11-ний өдрийн Монгол Улсын Засгийн газрын 154 тоот тогтоолоор Анагаах Ухааны Их Сургууль, 2003 оны 05 дугаар сарын 06-ны өдрийн Монгол Улсын Боловсрол, Соёл, Шинжлэх ухааны сайдын 149 тоот тушаалаар Эрүүл Мэндийн Шинжлэх Ухааны Их Сургууль нэртэй болж, бүрэлдэхүүн 7 сургууль байгуулагдсаны нэг нь Анагаах Ухааны Сургууль билээ. 2014 оны 6 дугаар сарын 1-ний өдрөөс Анагаахын Шинжлэх Ухааны Үндэсний Их Сургуулийн Анагаах Ухааны Сургууль нь Уламжлалт анагаахын сургуультай нэгдэн Анагаах Ухааны Сургууль болж Анагаах ухааны салбар, Уламжлалт анагаах ухааны институти гэсэн салбаруудтай болж, 2016 оноос Анагаах Ухааны Сургууль болж эрдэм шинжилгээ болон сургалтын үйл ажиллагааг тасралтгүй 78 жил явуулж байна.
Анагаах ухааны сургуулийн захирлаар 2003-2008 онд анагаах ухааны доктор, профессор Х.Алтайсайхан, 2011-2013 онд анагаах ухааны доктор, профессор Р.Отгонбаяр, 2013-2019 онд ангаах ухааны доктор, профессор С.Мөнхбаярлах, 2019-2020 онд анагаах ухааны доктор, профессор Р.Отгонбаяр, 2020.06-2021.09 сар хүртэл анагаах ухааны доктор, профессор О.Баатархүү, 2020 – 2023 онд анагаах ухааны доктор, профессор Д.Мөнхбаатар, 2023 оноос анагаах ухааны доктор, профессор Я.Энхтөр ажиллаж байна.
Анагаах Ухааны сургуульд Хүний их эмчээр 6 жил, Дүрс оношилгооны техникчээр 3 жил, Эмнэлэгийн тоног төхөөрөмж, угсралт, ашиглалт техникч электроникчоор 3 жил, Лабораторийн техникчээр 3 жил тус тус суралцаж, хүний их эмч, дүрс оношилгооны техникч, Эмнэлэгийн тоног төхөөрөмж, угсралт, ашиглалт техникч электроникч, лабораторийн техникч зэрэг мэргэжил эзэмшиж төгсдөг.
