АШУҮИС-ийн МЯЭ нь Япон Улсын Засгийн Газрын буцалтгүй тусламжаар байгуулагдаж, 2019 оны 10 сарын нэгнээс амбулторийн үйл ажиллагаагаа нээснээр Монгол улсад анх удаа их сургуулийн эмнэлэгийн суурь тавигдсан түүхтэй. Үүнээс ойролцоогоор нэг жилийн дараа АШУҮИС-ийн Төв эмнэлэг нээгдсэн. АУС-ийн тэнхимийн эрхлэгчид нь их сургуулийн эмнэлэгүүд дээр тасаг нэгжийн эрхлэгч, албаны даргийн үүргийг гүйцэтгэж, эмч-багш, эмнэлэгийн мэргэжилтнүүдийг удирдлага, зохион байгуулалтаар хангаж ажилладаг бол АУС-ийн багш нар нь өөрсдийн мэргэжлийн чиглэлээр их сургуулийн эмнэлэгүүд, үндэсний төвүүд (ХСҮТ, ХӨСҮТ, СЭМҮТ, ЭХЭМҮТ) болон бусад түшиц эмнэлэгүүдийн үйл ажиллагаанд идэвхийлэн оролцдог. АШУҮИС-ийн МЯЭ дээр дараах төв, алба, тасаг нэгжүүдэд АУСийн багш нар батлагдсан хуваарийн дагуу ажиллаж, эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээг хүн ардадаа чанартай үзүүлж байна.
Үүнд,
1. Амбулатори
2. Мэс заслын тасаг
3. Мэдээгүйжүүлэх хагалгааны нэгдсэн тасаг
4. Яаралтай түргэн тусламжийн тасаг
5. Эрчимт эмчилгээний тасаг
6. Дүрс оношлогооны тасаг
7. Дурангийн тасаг
8. Доторын нэгдсэн тасаг
9. Мэдрэл судлалын тасаг
10. Нүд судлалын тасаг
11. Чих, хамар, хоолойн тасаг
12. Хүүхдийн тасаг
13. Эмэгтэйчүүдийн тасаг
14. Эмгэг судлалын тасаг
15. Эмнэлзүйн төв лаборатори
16. Эм зүйн алба
17. Үйлчлүүлэгчийг дэмжих алба
18. Эрүүл мэндийг дэмжих төв
19. Сэргээн засах төв
20. Гемофили-генийн эмчилгээний төв
21. Ревматологийн төв
22. Эпилепсийн төв
23. Цус – хавдрын бай эмчилгээний нэгж
24. Өдрийн эмчилгээний нэгж Цус сэлбэлт хариуцсан нэгж
Манай эмч-багш нарын 56. 7% нь мэргэжлийн зэрэг цолтой бөгөөд тэдгээрийн 8.9 % нь үндэсний хэмжээний тэргүүлэх мэргэжилтэн, зөвлөх эмч нар байдаг.